Die Vorschriften zur Genehmigungsfiktion gelten nach der Übergangregelung jedoch erst für Bauanträge, die drei Monate nach dem Inkrafttreten der Gesetzesnovellierung eingereicht werden, somit also für eingereichte Bauanträge ab dem 01.05.2021.
Die Regelung greift allerdings nur für Vorhaben, welche im vereinfachten Baugenehmigungsverfahren durchgeführt werden und die die Errichtung oder Änderung eines Gebäudes zum Ziel haben, das ausschließlich oder überwiegend dem Wohnen dient. Ein Gebäude dient dann überwiegend dem Wohnen, wenn auf mehr als der Hälfte der Hauptnutzfläche des Gebäudes Wohnnutzung ausgewiesen ist. Gleichzeitig sind aber auch Nutzungsänderungen mit umfasst, die Wohnraum schaffen sollen.
Nunmehr sieht Art. 68 Abs. 2 BayBO für einen solchen Bauantrag folgenden Weg vor: Ist die Gemeinde, in der das Bauvorhaben ausgeführt werden soll, nicht selbst untere Bauaufsichtsbehörde, wird der Bauantrag zunächst bei der Gemeinde eingereicht und (soweit erforderlich) entscheidet die Gemeinde über das gemeindliche Einvernehmen; die Gemeinde legt dann den Bauantrag an die zuständige untere Bauaufsichtsbehörde vor. Diese prüft innerhalb von drei Wochen die Vollständigkeit des Bauantrages. Verlangt die Bauaufsichtsbehörde nicht innerhalb der Dreiwochenfrist die Vervollständigung des Bauantrages, beginnt die Frist für die Genehmigungsfiktion drei Wochen nach Zugang des Bauantrages bei der unteren Bauaufsichtsbehörde zu laufen. Verlangt dagegen die Bauaufsichtsbehörde die Vervollständigung des Bauantrages, dann beginnt die Fiktionsfrist drei Wochen nach Vorlage der weiteren Unterlagen zu laufen. Wird diesem Verlangen auf Vervollständigung nicht nachgekommen, so gilt der Bauantrag ohnehin als zurückgenommen, wenn die Bauaufsichtsbehörde bei ihrem Vervollständigungsverlangen dieses mit einer Rücknahme-Fiktionswirkung versehen hat. In diesem Fall wird das Verfahren hinsichtlich des Bauantrages eingestellt. Ist dagegen der Bauantrag vollständig oder hat die Bauaufsichtsbehörde keine Vervollständigungen verlangt, läuft die dreimonatige Fiktionsfrist. Entscheidet nunmehr die untere Bauaufsichtsbehörde innerhalb dieser Dreimonatsfrist, so ist diese Entscheidung hinsichtlich des Bauantrages maßgeblich.
Entscheidet die untere Bauaufsichtsbehörde nicht oder hat sie die Frist zur Entscheidung auch nicht verlängert, gilt der Bauantrag mit Ablauf der Dreimonatsfrist als genehmigt. Die dreimonatige Fiktionsfrist kann ausnahmsweise einmal angemessen verlängert werden, wenn dies wegen der Schwierigkeit der Angelegenheit gerechtfertigt ist. In Betracht kommt eine Fristverlängerung, wenn erforderliche, fachliche Feststellungen nicht rechtzeitig beigebracht werden (z. B. naturschutzrechtliche Beurteilungen).
Eine im Wege der Fiktion erteilte Baugenehmigung hat die gleiche Rechtswirkung wie eine tatsächlich ausgesprochene Baugenehmigung. Hierbei wird über den Eintritt der Genehmigungsfiktion eine Bescheinigung ausgestellt. Jedoch tritt diese Genehmigungsfiktion auch ein, wenn keine Bescheinigung ausgestellt wird. Auch wenn der Bauantrag formell vollständig, aber das Bauvorhaben etwa rechtswidrig ist, tritt grundsätzlich die Genehmigungsfiktion ein. In diesen Fällen muss aber beachtet werden, dass die fiktive Baugenehmigung jedoch u. U. zurückgenommen werden kann.